GEO-MICROBIOLOGIE DES SYSTEMES SOUTERRAINS

Eric PINTO FIGUEROA
Universidad de Chile y Fundacion Biociencia, Santiago

 

L’île Madre de Dios, avec ses nombreux réseaux souterrains karstiques et ses conditions environnementales extrêmes, offre un laboratoire naturel unique pour l'étude de la vie microbiologique et de son rôle dans les processus d’évolutions géologiques et géochimiques.

Un monde calcaire englacé il y a 20.000 ans, libéré après le dégel :

La possibilité d'identifier l’évolution des micro-organismes datant de la dernière glaciation, mais aussi de la période postglaciaire est un objectif de grand intérêt . A cette fin, il est nécessaire de prélever des échantillons endokarstiques et exokarstiques. Le prélèvement d'échantillons de spéléothèmes (stalagmites, stalactites) sera effectué, associé à des datations par TIMS. Pour ces échantillonnages, on devra considérer trois zones dans les stalagmites : la racine, la partie médiane et l’apex. Mais il faut savoir que les spéléothèmes ne se développent pas pendant les périodes d’englacement, sauf exception.

L’enregistrement des changements climatiques :

La compréhension des changements climatiques par l'identification de micro-organismes (protozoaires, algues, champignons, bactéries) est un outil complémentaire à l'analyse géologique. La récolte d'échantillons dans des sédiments contemporains de la dernière glaciation et postérieurs à celle-ci sera nécessaire, notamment dans les abris-sous-roche, la grotte de la Moraine (Guarello), dans la grotte du Finisterre (Guarello), dans la grotte du Baron (Madre de Dios) et dans la Perte de la Rivière (Madre de Dios). L’échantillonnage sera aussi réalisé dans des lamines de croissance bien identifiées.

La biodiversité étonnante de l'archipel

L'étude de la biodiversité microbiologique de l'île Madre de Dios permettra de comprendre en partie la participation des micro-organismes dans l’évolution des processus écologiques. Pour ceci, on procédera aussi à la récolte d'échantillons d’eaux et de sédiments variés (surface, grotte, lac, littoral).

Protocole pour le prélèvement des échantillons

Pour les sédiments, on devra rafraîchir la coupe sur quelques centimètres et récolter l'échantillon à l’aide d’une spatule stérile (passée à la flamme ou au chiffon imbibé d’alcool). Il faudra apporter une attention particulière aux fissures et autres sites où existent des colonies algaires ou myco-bactériennes intéressantes à échantillonner.

Les échantillons sédimentaires et sous-marins (solides et/ou liquides) seront récoltés dans des tubes Falcon de 50 ml, les échantillons liquides seront placés dans 2 tubes Falcon de 25 ml (les tubes sont stériles, et sont ouverts seulement sur place). Les échantillons seront classés dans des sacs Ziploc, et immédiatement numérotés.

Tous les prélèvements devront être effectués en double. La cartographie géologique et géomorphologique du site est nécessaire. Pour tous les échantillons récoltés il est demandé la description du secteur, le positionnement GPS, la mesure de la température, du pH, de l'humidité relative ; le cas échéant, il sera aussi nécessaire de préciser les minéraux présents, et la profondeur du prélèvement, dans les cavités correspondantes. Une photographie du site et de l'échantillon prélevé, en plus d’une brève description de la zone, est requise.

Avec le matériel d'échantillonnage, des fiches selon le modèle suivant sont fournies ; elles devront être complétées pour chaque échantillon prélevé.

FICHE GEOMICROBIOLOGIQUE DES SYSTEMES SOUTERRAINS

Date :

Responsable
Nom du secteur
Position GPS
Echantillon Nº

Température :	pH :
Humidité relative :	Nº de Photographie: Lieu Echantillon :
Observations :

Instruments utilisés

GPS
Carte géologique de l'île Madre de Dios
Matériel spécifique d'échantillonnage (protocole d'échantillonnage, porte-objets, etc.)

Fabrication de lames minces…

Partenariats

Cette recherche géo-microbiologique sera effectuée en collaboration avec les laboratoires de la Fondation Biosciences, et dans le cadre du projet “Anillo Antárctico” (CONICYT N°ARTG 04.2006-09).